São diversas as dificuldades encontradas para a análise de forma manual dos arquivos enviados e demonstrativos de pagamento devido a diversos fatores, dentre os principais está a falta de padrão dos demonstrativos de retorno de pagamento, apesar da existência de legislação em sua padronização através de Resoluções Normativas da ANS - Agência Nacional de Saúde Suplementar. Contribui também para esta dificuldade o elevado número de itens pertencentes à Conta Hospitalar que necessitam ser confrontados a fim de descobrir eventuais distorções entre o remetido aos convênios e o efetivamente pago por estes.
A conciliação eletrônica permite este confronto de forma segura e ágil, gerando relatórios detalhados e resumidos, constando nestes todos os dados necessários para posterior avaliação por parte da contratante - glosas, pagamentos a maior que o enviado e não pagos e/ou demonstrados - em tempo hábil, aumentando assim a qualidade dos serviços prestados visto que as eventuais necessidades de mudança/adequação nos processos desenvolvidos pelo prestador as operadoras e planos de saúde e o acompanhamento do cumprimento aos instrumentos jurídicos firmados podem ser rapidamente identificados.